ヒトや動物の腸管内にはきわめて多くの細菌が棲息しています。

その種類は500～1,000種類とも言われ、数は40兆個にもおよびます。菌数にして、糞便1g当たり 1,010個を超えます。

《現在の教科書では人や動物の腸管内には500種と想定される菌種が存在しているとされています。腸内容物の1/3の重さが菌体で占められています》

腸内の細菌は実に多種多様な細菌で構成されており、それぞれが一定の数でバランンスを保っています。このような人体に住み付いている細菌のことを常在菌と呼び、その集団が叢（くさむら）の様に見えることから「腸内常在菌叢（チョウナイジョウザイキンソウ）」又は「腸内フローラ」といいます。　また腸内には、ごく少数ですが緑膿菌やブドウ球菌、カンジダのような、病原性のある菌も存在します。

ストレスが加わったり、カゼをひいたり、薬を飲んだりすると、腸内常在菌叢のバランスが崩れ、乳酸菌やビフィズス菌等の有益菌が減少し、腐敗菌や有害菌が増え、下痢や腹痛を起こすことがあります。

このように腸内常在菌は、家畜・家禽等動物の健康や発育にも重要な役割を果たしている（光岡ら1978）と報告しています。

腸内常在細菌叢のバランスが乱れたときに、BN株を摂取することでBN株は小腸上部で発芽・増殖しその時産生される種々の生理活性物質が腸内菌叢の安定化に何等かの影響を及ぼしているものと思われます。

腸管内のStreptococcus（ストレプトコッカス）、Lactobacillus（ラクトバチルス）、Bifidbacterium（ビフィドバクテリウム）等の有益菌を優勢菌叢にし、腐敗菌を抑制します。

この様に納豆菌には、腸内常在菌叢のバランスの乱れを防止する働きがあります。